에덴하우스는 시설장, 사무국장 아래 총무행정부, PE사업부, 인쇄판촉물사업부, 직업재활부, 직업재활연구소, 홍보후원부를 두고 있습니다.
각 부서의 업무는 아래와 같습니다.
총무행정부 – 재무, 회계, 인사관리, 예산, 세무, 행정
PE사업부 – 종량제봉투, 비닐생산관리, 판매영업관리
인쇄판촉물사업부 – 종이인쇄, 쇼핑백, 판촉물 생산관리, 판매영업관리
직업재활부 – 재활 상담, 재활 평가
직업재활연구소 – 직업재활프로그램 개발 연구, 정책대안연구, 직업재활교육
홍보후원부 – 후원 및 자원봉사자 관리, 홍보물, 소식지 제작 및 배포, 홈페이지 관리
또한 운영위원회와 인사위원회를 운영하고 있습니다.